新发现1953种人体肠道菌，无印良品召回致癌瓶装水 | 知几文献速递Vol.1
知几文献速递是一个周更栏目，汇总一周跟人体微生物有关的前沿新闻。
1.
Science十周年系列特稿：人体微生物组十年研究回顾
Niv Zmora etc., Science Translational Medicine
DOI: 10.1126/scitranslmed.aaw1815
2019年，《Science Translational Medicine》上发布了一篇重磅研究，由来自特拉维夫苏拉斯基医学中心和魏茨曼科学研究所的三位研究人员共同完成。它详细介绍了微生物学研究的历史及四个主要的研究领域；同时，作者也提到未来的一些研究将围绕屏障的展开，而大型、精心设计的临床试验也很必要。
（基于肠道微生物群的治疗方法）
1）通过饮食调节宿主微生物
过去几十年来的营养研究，重点都是寻找膳食成分和人类健康之间的直接联系，旨在建立对抗疾病的普遍指导方针，但始终没有结论性的成果。
随着微生物组研究的进展，通过食物影响微生物组，继而影响健康已经成为可能，如赵立平等人发现膳食纤维的摄入可以通过调节微生物组，在很大程度上改善了2型糖尿病患者的血糖控制。该研究也提到未来个体间肠道微生物组组成和功能的异质性将越来越受到重视，基于饮食的通用干预措施可能会被淘汰，而个性化的饮食定制将更加可信。
2）通过益生菌调节宿主微生物
第二个研究领域是益生菌在生物群落中的作用。目前还不清楚膳食补充剂是否真的有用。但在未来，它们可能是为个人定制的，以促进肠道内好细菌的生长。
一个多世纪以来，虽然益生菌补剂一直被用做保健品，但它们的功效仍不确定。最近的研究表明，活微生物对人类宿主不一致的影响，可能是由于益生菌肠道分解模式的内部个体差异及其对已有微生物群的影响。由于益生菌肠道黏膜定植的“耐药性”和“耐受性”可以通过基线宿主和微生物组的特征来预测，因此我们也有机会对不同的益生菌菌株进行环境特异性优化，改善肠道定植和下游活性。
目前临床上应用复合微生物治疗仍存在较大障碍。这些挑战包括需要开发直接采集肠道黏膜的非侵入性方法和技术，以可靠地探究肠道不同区域的微生物组表征。此外，我们还需要确定益生菌菌株在体内活动的机制，从而能够预测治疗后菌群的变化。最后，我们需要在不同的临床场景和人群中以大型多中心随机、安慰剂对照试验的形式生成高质量和结论性的临床数据。
3）细菌代谢产物对宿主微生物的调节
作者认为，第三个研究领域可能涉及将细菌代谢产物引入生物组，作为调节微生物组的一种疗法。
4）通过粪便移植调节宿主微生物组
第四，他们建议，粪菌移植——从一个健康人的粪便中提取菌群，并将其放入有肠道疾病的人的直肠或肠道中，希望能恢复健康的细菌平衡。
2.
Nature子刊综述：关于“超级细菌”耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的基础与临床研究
Nicholas A. Turner etc., Microbiology
DOI: 10.1038/s41579-018-0147-4
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）是现代最成功的病原菌之一，它可以导致细菌血症、心内膜炎、皮肤和软组织感染、骨关节感染，也是医院获得性感染的主要原因。
（MRSA的全球分布和多样性）
MRSA的基因适应能力和成功流行菌株的连续出现使其仍然是人类健康的主要威胁。Nature这篇综述，概述了MRSA的基础和临床研究，并总结了有关MRSA流行病学、传播、遗传多样性、进化、监测和治疗的大量文献。
3.
Nature：新发现1953种人体肠道菌，人类肠道菌的谱系多样性增加281%
Alexandre Almeida etc., Nature
DOI: 10.1038/s41586-019-0965-1
来自欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)和Wellcome Sanger研究所的专家从11850份不同肠道微生物组样本中重建了92143个基因组，新发现了1952种人体肠道菌，使得人类肠道菌的谱系多样性增加了281%。
研究发现，北美和欧洲人群具有大量相同的肠道微生物菌种，而少数南美和非洲人群的数据集却出现了前两种人群所不具有显着的多样化特征。尽管与参考分离基因组相比，新发现的物种在研究充分的种群中并不普遍，但它们将未充分研究的非洲和南美样本的分类提高了200%以上。
此次研究中使用的分析方法具有高度可重复性，并且可用于未来更大、更多样化的数据集分析，甚至可以用于指导胃肠道疾病的诊断和治疗中。
尤其是与肠道菌群息息相关的癌症治疗，目前治疗癌症的方法普遍存在治愈率不高等特点，而肠道菌群能够改善免疫检查点抑制剂治疗癌症引起的不良反应，为癌症的治疗带来了新的曙光。
4.
中国自闭症儿童肠道菌群和短链脂肪酸的变化
Simeng Liu etc., Scientific Reports
DOI：10.1038/s41598-018-36430-z
过往累积的证据表明，肠道微生物群及其代谢产物（特别是短链脂肪酸SCFAs）在胃肠道疾病和ASD发病机制中起重要作用。
研究人员招募了30名2.5-18岁的ASD患者（便秘是本研究中ASD儿童唯一的胃肠道疾病）和20名健康人，对细菌16S rRNA基因进行了测序，检测粪便SCFAs，评估了胃肠道症状，结果表明，ASD患者肠道微生物群和SCFAs的组成发生了变化。
（肠道微生物群与粪便SCFAs水平的相关性）
ASD受试者的粪便乙酸和丁酸水平较低，粪便戊酸水平较高。ASD个体中主要产丁酸盐的类群（瘤胃球菌科、真细菌科、漆树科和丹毒滴虫科）的丰度降低，缬草酸相关细菌（酸杆菌）的丰度增加。
研究人员还发现了丰富的梭杆菌、巴氏杆菌、粪杆菌和戊酸相关细菌（放线菌科），且产丁酸盐菌群减少。
这提示了肠道菌群在ASD患者的粪便SCFAs中起作用。调节肠道微生物群，尤其是产丁酸盐的细菌，可能是ASD患者替代治疗手段中一个有前途的策略。
最后插播本周的3则重大公共消息：
1.
英格兰医学杂志：澳洲诞生全球第二例“半同卵双胞胎”
Michael T. Gabbett etc., NEJM
DOI: 10.1056/NEJMoa1701313
人类双胞胎一般只有两种形式：同卵和异卵。在极少数情况下，存在第三种中间形式，称为半同卵（Semi-identical ）双胞胎。这种情况发生在一个卵子和两个精子同时受精时，与同卵双胞胎一样分裂成两个但每个都带有来自父亲的不同遗传信息。
（半同卵双胞胎的诞生）
2月28日，NEJM（新英格兰医学杂志）发表题为《Molecular Support for Heterogonesis Resulting in Sesquizygotic Twinning》的研究，证实澳大利亚布里斯班一对现年4岁的小姐弟，被确认为全球第二对半同卵双胞胎。他们的母亲在2014年做产检时，澳大利亚基因研究团队已注意到罕见的胚胎形成过程。
基因检测结果显示，虽然他们分享了100％的母亲的DNA，但他们只分享了父亲的78％，总的来说，他们的基因组有89％相同。目前这对姐弟已经4岁了，据说都非常健康。
2.
无印良品召回瓶装水，因疑似被检测出致癌物溴酸盐
（新京报、21世纪经济报、康健网综合）
召回的产品有两款规格分别为330ml和500ml的天然水，以及一款规格为430ml的碳酸饮料，三款产品均为日本产。除在日本本土销售之外，还出口到中国台湾和香港地区，总数接近59万瓶。
客服表示，日本产天然水未曾在中国大陆售卖，碳酸饮料曾在大陆售卖，目前已“全店撤柜”。
溴酸盐被国际癌症研究机构定为2B级的潜在致癌物，是矿泉水以及山泉水等多种天然水源在经过臭氧消毒后所生成的副产物，而臭氧杀菌是目前应用最广泛的瓶装水杀菌方式。
溴酸盐的急毒性低，除非大量误喝高浓度的溴酸盐化合物才可能出现肠胃不适，严重者恐致急性肾衰竭，或出现听力受损等神经性中毒症状。
我国现行的《生活饮用水卫生标准》规定溴酸盐限值为0.01mg/L，与世界卫生组织的标准一致。
据悉，此次召回的2款“天然水”产品，1L中的溴酸盐检测含量为0.02mg-0.04mg，超过日本标准2-4倍。
3.
我国发布国内首个《罕见病诊疗指南》
（新浪、人民网综合）
2月27日，《罕见病诊疗指南（2019年版）》正式发布。该《指南》由国家卫生健康委委托罕见病诊疗与保障专家委员会办公室（北京协和医院）牵头，组织全国近百位专家编写、80余位专家审稿，是我国第一部关于罕见病的诊疗指南。
该指南涵盖121种罕见病，对121种罕见病详细阐述了定义、病因和流行病学、临床表现、辅助检查、诊断、鉴别诊断和治疗，并在每一种罕见病的最后提出了诊疗流程，以清晰的流程图形式向读者展现诊断流程和治疗原则，对提高我国罕见病规范化的诊疗水平具有重要意义。
121种罕见病目录：